穗深城际铁路

2005年3月16日，国务院审议并原则通过《环渤海京津冀地区、长江三角洲地区、珠江三角洲地区城际轨道交通网规划》，此规划中提到建设全长131公里的广州—东莞—深圳城际轨道交通线[9]。

2008年2月，广东省政府原则同意批准穗莞深城际轨道交通项目建议书，初步设15个站，全长约97.608公里[10]。

2008年12月21日，穗莞深城轨东莞—深圳机场段在深圳宝安区举行开工仪式。按当时的规划，穗莞深城轨起于广州地铁5号线鱼珠站，经广州庙头、开发区，东莞麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎门、长安，深圳松岗、沙井、福永、机场北，终点为深圳机场站，设16个站，全长约86.62公里，总投资196.9亿元。东莞—深圳机场段先行开工，全长70.4公里，总投资156.78亿元，原计划总工期3年。另外深圳地铁11号线在松岗站将预留向西北延伸与穗莞深城轨东莞段衔接的条件，若条件成熟，穗莞深城轨列车将利用11号线轨道直通福田中心区，线路全长118公里，设站22个，全程运行时间约83分钟[11][12]。此外穗莞深城轨东莞段原计划经麻涌、望牛墩、道滘、汽车总站、会展中心、厚街、虎门、长安进入深圳，途经东莞市中心，但在2008年方案改为经东莞西部，经麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎门、长安[13]。

2009年5月，媒体报道穗莞深城轨广州段将有重大调整，调整后的线路将不走鱼珠、庙头、开发区，改道从增城区新塘镇始发，直入东莞洪梅鎮，并在新塘站接驳当时仍在规划中的广州地铁13号线和16号线[14]。

2009年11月，穗莞深城轨东莞长安段动工，当时计划在长安设厦边站、金沙站和锦厦站三站，东莞段其余五个站点为洪梅、沙田、厚街、虎门白沙和虎门商贸城[15]。

正在建设中的长安站

正在建设的沙井西站

中堂动车运用所

2012年6月5日，穗莞深城轨广州至东莞段环境影响报告书公示，广州至东莞段正线全长17.934公里，设新塘站、中堂站、望牛墩站、望洪站4座高架车站，原计划的东莞麻涌站被撤销，东莞起点站改为中堂站，望洪站（后改名为东莞西站）将连接莞惠城际轨道和东莞轨道交通1号线。另外公示资料显示其余车站为洪梅、沙田、厚街、虎门火车站、虎门商贸城、长安厦边、长安金沙、海上田园（后改名为沙井西站）、和平（后改名为福海西站）、机场北、机场东，深圳段因沿线拆迁问题不再经沙井和松岗等地[8]。报告书亦提到，线路建成后列车通过时会影响沿线用天线看电视的用户，并建议对受影响的电视用户预留有线电视接入条件补偿费[13][16][17]。同年9月，東莞至深圳段動工[18]。

2012年10月16日，穗莞深城轨广州段规划再度改动，从新塘站通过改造广深铁路III线和IV线的方式延伸至广州东站，广州东站将增建北侧站房，并对站台进行调整，广深铁路沿线的吉山站和石牌站将改造为城际轨道站点，总工期暂定2年，投资估算总额7.8亿元[19]。

2012年，穗莞深城轨深圳境內線路方案已基本確定，在深圳預設兩個站點：機場東站和前海灣站[20]。但在2013年4月的莞深段变更环评第二次公示中，深圳段路線調整，終點改設於深圳机场站，取消2個車站，不再進入深圳市中心區，莞深段由全长70.4公里缩短至58.027公里，而由于隧道路段增多，投资增加16.29亿元。深圳机场站与深圳地铁11号线的机场站平行，中间修建300米的地下通道相联通。[8]2014年底，穗莞深城轨深圳段开工建设[21]。

2015年7月，穗莞深城轨广深铁路III、IV线新塘至广州东站沿线车站规划修改方案获通过，新方案中新塘至广州东站沿线将设石牌站、奥体中心站、吉山站和夏园站4个车站，相关路段全长30公里[22]。

2017年9月6日，广深铁路III线新建站点奥体中心站线路改造完成。同年11月17日，石牌站员工天桥完成吊装，站房施工进入收尾阶段，线路改造工程则在2018年5月开工[7][23]。

2018年10月16日，新塘至中堂站区间第一对500米长轨落槽，全线铺轨施工正式启动。预计穗莞深城轨新塘至深圳机场段将于2019年中正式通车[24][25]。

穗莞深城際軌道交通原定於2019年9月30日通車，但因工程進展影響而延遲[26]，于2019年12月15日通车[1]。